משך הלימודים: מסלול ללא תיזה – שנתיים;                            
מסלול הכולל כתיבת תיזה – שלוש שנים;
 
מבנה הציון:
מסלול א' (עם עבודת גמר מחקרית)
קורסים            50%
תזה                50% ( כולל הצגת התיזה בסמינר חוגי)
 
מסלול ב' (ללא תזה):
קורסים            70%
פרויקט מחקר  30% (פרויקט המחקר הוא ללא ניקוד)
 
פירוט תוכנית הלימודים:
 
מספר שש"ס הנדרש לקבלת התואר בהתאם למסלול הלימודים. התוכנית תורכב משני מסלולי לימוד: תואר שני עם תזה מחקרי 30 שש"ס ותואר שני ללא תזה 42 שש"ס.

מבנה התוכנית (לכל תלמידי החוג):
1. קורסי חובה

2. קורסי חובה  של המסלול (ספח)

תלמידים בעלי רקע קודם יקבלו פטורים מקורסי יסוד מסיימים וישלימו את השש"ס בקורסי בחירה נוספים).
 
3. קורסי בחירה  (כל קורסי הבחירה הם בהיקף של 2 שש"ס)
תלמידי מסלול א': 10 שש"ס; תלמידי מסלול ב': 22 שש"ס
 
תולדות הנפט במזה"ת
מע' ניהול סביבתי
עקרונות ממ"ג
פתוח בר קיימא
אנרגיה ופוליטיקה מבט אסייתי
ניהול משאבי אויר
כלכלת סביבה- מאקרו
גרעין: אנרגיה ונשק
מדיניות אנרגיה של סין
שינויי אקלים
כלכלת אנרגיה מתקדמת (חדש)
הובלה של דלקים ואנרגיה (חדש)
אנרגיה בתחבורה (חדש)
סוציולוגיה של צריכת אנרגיה (חדש)
 
יועץ התוכנית רשאי לאפשר לתלמיד ללמוד קורסי בחירה מהקורסים הקיימים במסלולים אחרים בחוג לניהול משאבי טבע וסביבה, או בחוגים אחרים,  בהתאם לצרכי ההתמחות של התלמיד.
 
קורסים חדשים המיועדים למסלול לימודי האנרגיה (כל קורס 2 שש"ס):
 
היסודות של הפקת אנרגיה (ד"ר נעם גרינבאום): קורס זה נועד לתת הרקע לתלמידים, אשר אינם בעלי תארים בתחומים טכנולוגיים, הבנה בסיסית של התהליכים הטכנולוגיים של הפקה וייצור אנרגיה. הקורס יכלול גם סיורים בתעשיית הפקת האנרגיה והחשמל.
 
אנרגיה ופוליטיקה (ד"ר ברנדה שפר):  קורס זה יעסוק בממשק שבין אנרגיה ובין פוליטיקה. הסמינר יעסוק  בפוליטיקה פנימית וגם בתחום החוץ. בין היתר יעסוק הקורס בנושא של דפוסי משטר של מדינות מפיקות נפט וגז; מדיניות בינ"ל בתחום שינויי אקלים; השפעת נפט וגז על סכסוכים; השפעה הדדית  בין מדינות  ספקיות לבין צרכניות; ומדיניות בתחום האנרגיה של מפיקות וצרכניות עיקריות. בין חובות הקורס, כתיבה עבודה סמינריונית.
 
אנרגיה מתחדשת (ד"ר אופירה אילון): הקורס יעסוק בעקרונות הפקת אנרגיה ממקורות מתחדשים (שמש, רוח, מים, גיאותרמי, ביומסה), עקרונות שימור והתייעלות אנרגתית, בניה ירוקה. כמו כן יעסוק הקורס באמצעי מדיניות אפשריים ונדרשים על מנת ליישם אנרגיה מתחדשת במשק. בין חובות הקורס, כתיבה עבודה סמינריונית.
 
אנרגיה והסביבה (מורי התוכנית): הקורס יעסוק ביחסי-הגומלין בין דפוסי הצריכה וההפקה של אנרגיה לבין איכות הסביבה.  יידונו היבטים של זהום אוויר מקומי וגלובאלי, ניצול שטחי קרקע, רעש, קרינה אלקטרומגנטית ועוד.
 
מבוא לכלכלת אנרגיה (יקבע): קורס זה נועד לתלמידים שאינם בעלי תואר בכלכלה.  הקורס יכלול מושגי יסוד במיקרו ומאקרו-כלכלה, ותחשיבי עלות ותועלת. הקורס יעסוק בנושאים כלכליים הרלוונטיים במיוחד להבנת תופעות קשורות לאנרגיה, לרבות פירמה בתחרות, מונופול, אוליגופול, פירמה מונופולית בפיקוח והגבלים עסקיים.
 
משק ומדיניות האנרגיה בישראל (יקבע):  הקורס ינתח את המבנה של משק האנרגיה בישראל ומדיניותה בתחום זה. הקורס ינתח תעודות רשמיות המבטאות את המדיניות של מדינת ישראל בתחום האנרגיה. הקורס יינתן ע" שר או מנכ"ל  לשעבר של משרד האנרגיה (התשתיות) או ראש גוף אנרגיה עיקרי (חברת החשמל, בז"ן, וכו').